重庆适合种植的药材有垫江的丹皮、秀山的白术、石柱的黄连、江津的银花、綦江的木瓜、合川的使君子、补骨脂、川佛手、粉葛等等；适合重庆高山地区种植的药材有很多,例如白术、玄参、百合、黄连、何首乌、伸筋草、当归、天等等。

1.垫江的丹皮
丹皮，又名牡丹皮，中药名。为毛茛科植物牡丹干燥根皮。产于安徽、山东、重庆等地。秋季采挖根部，除去细根，剥取根皮，晒干。生用或炒用。《本草纲目》：“滋阴降火，解斑毒，利咽喉，通小便血滞。后人乃专以黄蘖治相火，不知丹皮之功更胜也。赤花者利，白花者补，人亦罕悟，宜分别之。”现代研究，所含牡丹酚及其以外的糖苷类成分均有抗炎作用；牡丹皮的甲醇提取物有抑制血小板作用；牡丹酚有镇静、降温、解热、镇痛、解痉等中枢抑制作用及抗动脉粥样硬化、利尿、抗溃疡等作用。
2.秀山的白术
白术是秀山传统中药材，具有健脾益气，燥湿利水，止汗，安胎。用于脾虚食少，腹胀泄泻，痰饮眩悸，水肿，自汗，胎动不安。土白术健脾，和胃，安胎。用于脾虚食少，泄泻，胎动不安。水源村空气湿润、土壤肥沃、水源充沛、气候适宜，白术个体大，含药量高，产品畅销国内各大中药材市场。

3.石柱的黄连
石柱黄连，重庆市石柱土家族自治县特产，中国国家地理标志产品（原产地域产品）。因产产于该县黄水森林公园，也称“黄水黄莲”。为毛茛科黄连属植物黄连Coptis chinensis Franch.，药材商品为“味连”，系常用名贵中药，石柱县是黄莲的原始产区、中国黄莲之乡，所产因品质优良，被确定为“国药”“地道黄莲”。
4.綦江的木瓜

綦江木瓜又称万寿果、百益果。綦江木瓜已有上百年种植历史，綦江区先后投资了上亿元资金，成功打造了中国最大的10万亩优质药用木瓜基地；并已取得国家无公害木瓜产品产地认证，正在申报国家绿色食品认证基地，2011年被命名为中国优秀木瓜之乡；木瓜树的平均生命周期在100年以上。

5.合川的使君子
使君子，别名：舀求子、史君子、四君子，拉丁文名：Quisqualis indica L.使君子科、使君子属攀援状灌木，高2-8米；小枝被棕黄色短柔毛。叶对生或近对生，叶片膜质，卵形或椭圆形，先端短渐尖，基部钝圆，表面无毛，背面有时疏被棕色柔毛，幼时密生锈色柔毛。顶生穗状花序，组成伞房花序式；苞片卵形至线状披针形，被毛；具明显的锐棱角5条，成熟时外果皮脆薄，呈青黑色或栗色；白色，圆柱状纺锤形。花期初夏，果期秋末。种子为中药中最有效的驱蛔药之一，对小儿寄生蛔虫症疗效尤著。